Nouvelle réponse basée sur le commentaire ci-dessous:

Si je comprends bien, la méthode 1 consiste à mélanger le code R et HTML ou LaTeX dans le même document, en utilisant Sweave ou brew par exemple , pour créer un document final, tandis que la méthode 2 consiste à utiliser du code R pour générer du HTML ou LaTeX, en utilisant les packages R2HTML ou Hmisc par exemple, puis à simplement exécuter le code R pour créer le document final. Je viens principalement d'utiliser la méthode 1, mais je vais peser de toute façon.

Comme je le vois, c'est vraiment juste une question de préférence; Je ne vois aucune raison technique ou statistique de préférer l'un à l'autre; ce sont les deux façons de rendre votre recherche reproductible.

Je pense que la méthode 1 est plus simple car vous n'avez pas besoin de savoir quelles sont les fonctions R qui créent le LaTeX ou le code HTML; vous écrivez simplement du code R, et vous écrivez du code HTML ou LaTeX, et le logiciel se charge de les assembler. Cela est particulièrement vrai lorsque la sortie R ne représente qu'une petite quantité du document final; ce serait pénible d'écrire le code R nécessaire pour sortir beaucoup de texte, par exemple. Dans les éditeurs de texte intelligents, vous obtenez également le bon formatage de syntaxe pour chaque type de code que vous n'obtenez pas lorsque vous utilisez R2HTML ou Hmisc. Cette méthode sépare également les résultats du commentaire plus proprement, à mon avis.

Cependant, pour de courts extraits ou simplement pour afficher les résultats d'une commande sans commentaire, utiliser R2HTML ou Hmisc pourrait être plus facile, cependant ( parlant de mon expérience), une fois que vous avez pris l'habitude de Sweaving, vous ne reviendrez jamais en arrière.

Ce ne sont que quelques points.

• Si vous voulez simplement écrire des rapports simples, alors l'ensemble des commandes LaTeX que vous devez apprendre est beaucoup plus petit que si vous voulez le faire des choses complexes.
• Un aspect attrayant de LaTeX par rapport à certains systèmes de balisage simples est que si vous voulez des fonctionnalités telles que le référencement, la numérotation automatique, des tableaux multi-pages, un réglage de type attrayant, ces fonctionnalités sont disponibles. En particulier, il y a eu des fonctionnalités auxquelles je n'avais même pas pensé au départ, mais quand j'en ai eu besoin, elles ont été disponibles dans LaTeX en tant que package.
• Si vous voulez que votre rapport final soit dans un autre format, tel que HTML ou rtf, vous pouvez alors utiliser divers programmes de conversion comme pandoc pour convertir le latex dans ce format.

L'autre chose intéressante potentiellement à propos de LaTeX ou d'un autre balisage dans le paradigme Sweave / odfWeave / asciiWeave est que pour les rapports répétés, vous pouvez le modéliser un peu mieux une fois, puis réutiliser simplement le modèle. Voir le package rreport de Harrell comme exemple

Vous êtes assez sûr d'utiliser l'un ou l'autre - même si j'avoue que je n'utilise aucun des deux. Je soupçonne que la principale raison de la popularité de la méthode LaTeX / Sweave est le nombre de champs qui utilisent LaTeX comme format papier / présentation / manuscrit principal qui incite à utiliser un système basé sur LaTeX. Je ne connais pas un seul champ où un produit final .html est tout cela directement utile.

La raison pour laquelle l'option 1 est si courante est que ... elle est si courante. Sweave existe depuis près de 10 ans et, pour de nombreux utilisateurs de R, est synonyme de recherche reproductible. De plus, les types de personnes qui entendraient l'expression «recherche reproductible» et penseraient «ça sonne bien» sont probablement déjà familiers avec LaTeX. Ainsi, ce n'est pas comme s'ils choisissaient entre deux options, car beaucoup ne sauront même pas que l'option 2 existe.